[ENG:]
The dataset is for Wistar rats and includes measurements taken on postnatal days (PND) 30, 35, 40, 46, and 60. It contains information on the expression of genes associated with adipose tissue browning (Cidea, Ucp1, Prdm16), levels of cholinergic pathway proteins (CHAT, CHRNA2, UCP1), as well as free and total choline and acetylcholine concentrations, and liver choline content. The data are arranged in a single table. Rows contain case names, and columns contain variable names and measured parameters. Methods: Choline and acetylcholine concentrations in inguinal adipose tissue were determined using the Choline/Acetylcholine Quantification Kit, Sigma Aldrich, cat. no. MAK056.
Hepatic choline concentration was determined using the Choline Assay Kit, cat. no. MAK508, Sigma Aldrich.
Real-time PCR
Total RNA was isolated from inguinal adipose tissue and liver using the commercial Extrazol kit (Blirt) according to the manufacturer's protocol. RNA quality and quantity were assessed using a microvolume spectrophotometer (DS-11, DeNovix, USA).
cDNA synthesis was performed using 2 μg of RNA using the Transcriptor First Strand Synthesis Kit (Roche, Germany). Real-time reactions were performed in duplicate on a LightCycler 480 (Roche) using TaqMan™ Gene Expression Assay probes (Thermo Fisher Scientific, USA) and Fast Advanced Master Mix for qPCR (Thermo Fisher Scientific, USA).
Gene transcription levels were analyzed using the following probes: Cidea (Rn04181355_m1, Thermo Fisher Scientific, USA), Ucp1 (Rn00562126_m1, Thermo Fisher Scientific, USA), Prdm16 (Rn01516224_m1, Thermo Fisher Scientific, USA). Two reference genes were used for data normalization. The arithmetic mean of the transcript levels of two reference genes was used for normalization: Tbp (Rn01455646_m1, Thermo Fisher Scientific, USA) and Actb (Rn00667869_m1, Thermo Fisher Scientific, USA).
Relative quantitative analysis of mRNA levels was performed using the maximum second derivative method.
Protein Isolation
Proteins were isolated from 100 mg of tissue. Mechanical homogenization was performed in ice-cold PBS. Samples were centrifuged at 10,000 g for 5 minutes. Protein concentration was determined using a bicinchoninic acid (BCA) kit (Thermo Scientific).
Protein Concentrations in Adipose Tissue
The concentrations of UCP1, CHAT, and CHRNA2 proteins were determined using kits: Rat UCP1 (Uncoupling Protein 1, Mitochondrial) ELISA Kit, cat. no.: 6326, ELK Biotechnology; Rat CHRNA2 (Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Alpha-2) ELISA Kit, cat. no.: ELK0108, ELK Biotechnology; Rat CHAT (Choline Acetyltransferase) ELISA Kit, cat. no.: ELK5756, ELK Biotechnology. Analyses were performed according to the manufacturer's protocol.
[PL:]
Zbiór danych dotyczy szczurów rasy Wistar i obejmuje pomiary wykonane w dniach postnatalnych (PND) 30, 35, 40, 46 oraz 60. Zawiera on informacje o ekspresji genów związanych z brązowieniem tkanki tłuszczowej (Cidea, Ucp1, Prdm16), poziomach białek szlaku cholinergicznego (CHAT, CHRNA2, UCP1), a także stężeniach wolnej i całkowitej choliny oraz acetylocholiny, oraz zawartość choliny w wątrobie. Dane są umieszczone w jednej tabeli. Wiersze zawierają nazwy przypadków, a kolumny nazwy zmiennych, mierzonych parametrów. Metody: Stężenia choliny i acetylocholiny w pachwinowej tkance tłuszczowej oznaczono przy użyciu zestawu Choline/Acetylcholine Quantification Kit, Sigma Aldrich, nr kat.: MAK056.
Stężenie choliny w wątrobie oznaczono przy użyciu zestawu Choline Assay Kit, nr kat.: MAK508, Sigma Aldrich.
Real-time PCR
Całkowite RNA wyizolowano z pachwinowej tkanki tłuszczowej oraz wątroby przy użyciu komercyjnego zestawu Extrazol (Blirt), zgodnie z protokołem producenta. Jakość i ilość RNA oceniono za pomocą spektrofotometru mikroobjętościowego (DS-11, DeNovix, USA).
Syntezę cDNA przeprowadzono z użyciem 2 μg RNA, wykorzystując zestaw Transcriptor First Strand Synthesis Kit (Roche, Niemcy). Reakcje real-time wykonywano w duplikatach przy użyciu aparatu LightCycler 480 (Roche) z zastosowaniem sond TaqMan™ Gene Expression Assay (Thermo Fisher Scientific, USA) oraz Fast Advanced Master Mix do qPCR (Thermo Fisher Scientific, USA).
Poziomy transkrypcji genów analizowano przy użyciu sond: Cidea (Rn04181355_m1, Thermo Fisher Scientific, USA), Ucp1 (Rn00562126_m1, Thermo Fisher Scientific, USA), Prdm16 (Rn01516224_m1, Thermo Fisher Scientific, USA). Do normalizacji danych wykorzystano dwa geny referencyjne. W celu normalizacji zastosowano średnią arytmetyczną poziomów transkrypcji dwóch genów referencyjnych: Tbp (Rn01455646_m1, Thermo Fisher Scientific, USA) oraz Actb (Rn00667869_m1, Thermo Fisher Scientific, USA).
Względną ilościową analizę poziomu mRNA przeprowadzono w oparciu o metodę maksimum drugiej pochodnej.
Izolacja białek
Białka izolowano ze 100 mg tkanki. Homogenizację mechaniczną przeprowadzono w lodowato zimnym roztworze PBS. Próbki wirowano przy 10000 g przez 5 minut. Stężenie białka oznaczono przy użyciu zestawu z kwasem bicynchoninowym (BCA) (Thermo Scientific).
Stężenia białek w tkance tłuszczowej
Stężenia białek UCP1, CHAT oraz CHRNA2 oznaczono przy użyciu zestawów: Rat UCP1 (Uncoupling Protein 1, Mitochondrial) ELISA Kit, nr kat.: 6326, ELK Biotechnology; Rat CHRNA2 (Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Alpha-2) ELISA Kit, nr kat.: ELK0108, ELK Biotechnology; Rat CHAT (Choline Acetyltransferase) ELISA Kit, nr kat.: ELK5756, ELK Biotechnology. Analizy przeprowadzono zgodnie z protokołem producenta.
