Metrics
0 Downloads
Share Dataset

Share this dataset on your favorite social media networks.

Rola kondensatów białka polimerazy II ekspresji genów podczas rozwoju embrionalnego

Version 1.0

Grabowska, Agnieszka, 2026, "Rola kondensatów białka polimerazy II ekspresji genów podczas rozwoju embrionalnego", https://doi.org/10.18150/EETOD3, RepOD, V1

Learn about Data Citation Standards.

Description

Na podstawie naszych wstępnych obserwacji, które wykazały, że podczas rozwoju Caenorhabditis elegans polimeraza II RNA (RNAPII) tworzy kondensaty w jądrach komórek zarodkowych, postawiliśmy hipotezę, że struktury te mogą odgrywać istotną rolę w regulacji transkrypcji we wczesnym rozwoju embrionalnym. W celu jej weryfikacji przeprowadziliśmy szczegółowe badania zachowania RNAPII w embrionach szczepu C. elegans posiadającego fluorescencyjnie znakowaną największą podjednostkę RNAPII, AMA-1.

Nasze badania obejmowały trzy główne zadania. Po pierwsze, dokonaliśmy ilościowej i jakościowej oceny wybranych parametrów kondensatów RNAPII, takich jak ich liczba, wielkość, dynamika oraz lokalizacja w jądrze komórkowym, z wykorzystaniem mikroskopii superrozdzielczej vt-iSIM. Po drugie, analizowaliśmy proces powstawania i/lub rozpadu kondensatów RNAPII w warunkach zaburzeń środowiskowych (np. szoku cieplnego) oraz genetycznych (z zastosowaniem interferencji RNA), aby określić czynniki wpływające na ich stabilność i organizację. Po trzecie, zbadaliśmy wpływ zakłóceń w tworzeniu kondensatów RNAPII na poziom ekspresji genów (RNA-seq), co pozwoliło ocenić ich funkcjonalne znaczenie.

Zbiór danych obejmuje obrazy mikroskopii fluorescencyjnej oraz wyniki analiz ilościowych uzyskanych z embrionów C. elegans, zapisane w formacie plików .xlsx. Podsumowanie wyników przedstawiono w formie prezentacji zapisanej w pliku .pdf. Uzyskane wyniki dostarczają nowych informacji na temat roli kondensatów RNAPII w regulacji procesów transkrypcyjnych podczas wczesnych etapów rozwoju embrionalnego.

(2026-04-20)
Subject
Medicine, Health and Life Sciences
Keyword

Polimeraza RNA II, Caenorhabditis elegans, rozwój embrionalny, kondensaty transkrypcyjne

CC0 Creative Commons Zero 1.0 CC0 Creative Commons Zero 1.0

Find
1 to 10 of 10 Files
microscopy_images_nuclei_development.zip
ZIP Archive - 413.5 MB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: 0ee826cd8249d27431ff5fb8157333a7
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Obrazy jąder komórkowych embrionów Caenorhabditis elegans podczas wczesnego rozwoju. Dane pochodzą z obrazowania mikroskopowego wykonanego przy użyciu mikroskopu superrozdzielczego vt-iSIM. Zarchiwizowane pliki są w formacie .tif i powinny być otwierane za pomocą programu Fiji/ImageJ.
Download
microscopy_images_nuclei_cell_cycle.zip
ZIP Archive - 315.0 MB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: c155ebe85a9f65e1dedd7027a7f27a1a
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Obrazy jąder komórkowych embrionów Caenorhabditis elegans z pojedynczej interfazy badanej komórki. Dane pochodzą z obrazowania mikroskopowego wykonanego przy użyciu mikroskopu superrozdzielczego vt-iSIM. Zarchiwizowane pliki są w formacie .tif i powinny być otwierane za pomocą programu Fiji/ImageJ.
Download
microscopy_images_nuclei_RNAi.zip
ZIP Archive - 512.8 MB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: 99394fa904b12262f879200f08dacd36
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Obrazy jąder komórkowych embrionów Caenorhabditis elegans poddanych interferencji RNA (RNAi). Dane pochodzą z obrazowania mikroskopowego wykonanego przy użyciu mikroskopu superrozdzielczego vt-iSIM. Zarchiwizowane pliki są w formacie .tif i powinny być otwierane za pomocą programu Fiji/ImageJ.
Download
METHODS_miniatura.pdf
Adobe PDF - 169.6 KB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: 9c14e7709f8a3745c0cda5f15bbd9f75
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Dokładny opis wszystkich zastosowanych w grancie metod.
Preview
Download
SUMMARY_miniatura.pdf
Adobe PDF - 19.9 MB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: 3e110abc0a910fceb546e91c09af9ce1
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Podsumowanie wyników uzyskanych w ramach projektu, obejmujące analizę danych wraz z reprezentatywnymi wykresami oraz wybranymi obrazami mikroskopowymi.
Preview
Download
microscopy_images_ heatshock.zip
ZIP Archive - 2.4 GB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: f96bb615602827209d5b6479146d897d
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Obrazy jąder komórkowych embrionów Caenorhabditis elegans eksponowanych na temperaturę 34°C z wykorzystaniem urządzenia VAHEAT. Dane uzyskano w wyniku obrazowania mikroskopowego przeprowadzonego przy użyciu mikroskopu typu spinning disc. Zarchiwizowane pliki są w formacie .czi i powinny być otwierane za pomocą programu Fiji/ImageJ.
Download
cell_cycle_analysis.tab
Tabular Data - Original format: MS Excel (XLSX) - 157.1 KB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
18 Variables, 1627 Observations - UNF:6:3pmT97Jy1ufSEx5hD0iqWg==
Dane uzyskano na podstawie analizy przetworzonych obrazów mikroskopowych embrionów Caenorhabditis elegans we wczesnych stadiach rozwoju, podczas pojedynczej interfazy dla danej komórki. Obrazy poddano obróbce w oprogramowaniu Fiji z wykorzystaniem wtyczki DenoiSeg.
Preview
development_analysis.tab
Tabular Data - Original format: MS Excel (XLSX) - 121.6 KB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
15 Variables, 1425 Observations - UNF:6:BcsELMRBTyM2s/uDAiKqmQ==
Dane uzyskano na podstawie analizy przetworzonych obrazów mikroskopowych embrionów Caenorhabditis elegans we wczesnych stadiach rozwoju. Obrazy poddano obróbce w oprogramowaniu Fiji z wykorzystaniem wtyczki DenoiSeg.
Preview
RNAi_analysis.tab
Tabular Data - Original format: MS Excel (XLSX) - 247.0 KB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
10 Variables, 3741 Observations - UNF:6:uHJch8kT4FwiRQgE38gzHg==
Dane uzyskano na podstawie analizy przetworzonych obrazów mikroskopowych embrionów Caenorhabditis elegans we wczesnych stadiach rozwoju, poddanych interferencji RNA (RNAi). Obrazy poddano obróbce w oprogramowaniu Fiji z wykorzystaniem wtyczki DenoiSeg.
Preview
macro.zip
ZIP Archive - 11.3 KB - Apr 28, 2026 - 0 Downloads
MD5: c9c0ec101a2198e7d33c65bb92d53bee
License: CC0 Creative Commons Zero 1.0
Zarchiwizowane pliki zawierające makra opisujące sposób analizy danych mikroskopowych. Pliki w formacie .ijm należy otworzyć za pomocą programu Fiji/ImageJ.
Download
Select File(s)

Please select a file or files to be deleted.

Delete Files

The file(s) will be deleted after you click on the Delete button.

Files will not be removed from previously published versions of the dataset.

Select File(s)

Please select a file or files to be edited.

Select File(s)

Please select a file or files to be edited.

Select File(s)

Please select a file or files to be edited.

Edit license

For selected file(s) set a license to

Select File(s)

Please select a file or files to be downloaded.

Select File(s)

Please select a file or files for access request.

Select File(s)

Please select restricted file(s) to be unrestricted.

Request Access

  You need to Log In/Sign Up to request access to this file.

Continue
Dataset Terms

Please confirm and/or complete the information needed below in order to continue.

Asterisks indicate required fields

Request Access

Access to file(s) subject to additional consent under following conditions:

Accept
Package File Download
Restricted Files Selected

The restricted file(s) selected may not be downloaded because you have not been granted access.

Restricted Files Selected

The restricted file(s) selected may not be downloaded because you have not been granted access.

Click Continue to download the files you have access to download.

Delete Dataset

Are you sure you want to delete this dataset and all of its files? You cannot undelete this dataset.

Embargo

Embargo

Are you sure you want to lift the embargo?

Once you lift the embargo, you will not be able to set it again.

Delete Draft Version

Are you sure you want to delete this draft version? Files will be reverted to the most recently published version. You cannot undelete this draft.

Dataset Anonymized Private URL

Use a Anonymized Private URL to allow those without Dataverse accounts to access your dataset. For more information about the Private URL feature, please refer to the User Guide.

Private URL has not been created.

"WARNING. This dataset has at least one published version. Those who have access to the Anonymized Private URL for this dataset may be able to use its accessible metadata to look up the full, not anonymized version of this dataset.

Dataset Anonymized Private URL

Are you sure you want to disable the Private URL? If you have shared the Private URL with others they will no longer be able to use it to access your dataset.

Dataset Private URL

Use a Private URL to allow those without Dataverse accounts to access your dataset. For more information about the Private URL feature, please refer to the User Guide.

Private URL has not been created.

Dataset Private URL

Are you sure you want to disable the Private URL? If you have shared the Private URL with others they will no longer be able to use it to access your dataset.

Submit for Review

You will not be able to make changes to this dataset while it is in review.

Submit
Publish Dataset

This dataset cannot be published until Nencki Institute of Experimental Biology is published. Would you like to publish both right now?

Once you publish this dataset it must remain published.

Publish Dataset

Are you sure you want to republish this dataset?

Select if this is a minor or major version update.

Publish Dataset

This dataset cannot be published until Nencki Institute of Experimental Biology is published by its administrator.

Publish Dataset

This dataset cannot be published until Nencki Institute of Experimental Biology and RepOD are published.

Return for modification


Send a copy of this message to the return e-mail address.
OK
Deaccession Dataset

Are you sure you want to deaccession? The selected version(s) will no longer be viewable by the public.